โครงสร้างการกำหนดส่วนราชการหน่วยตรวจสอบ องค์การบริหารส่วนตำบลคลองนารายณ์ มีดังนี้
5. หน่วยตรวจสอบภายใน (12)
5.1 งานจัดทำแผนการตรวจสอบภายในประจำปี
5.2 งานการตรวจสอบความถูกต้องและเชื่อถือได้ของเอกสารการเงิน การบัญชี เอกสารการรับจ่ายเงินทุกประเภท ตรวจสอบการเก็บรักษาหลักฐานการเงิน การบัญชี
5.3 งานตรวจสอบการสรรหาพัสดุและทรัพย์สิน การเก็บรักษาพัสดุและ ทรัพย์สิน การเก็บรักษาพัสดุและทรัพย์สิน
5.4 งานตรวจสอบการทำประโยชน์จากทรัพย์สินของ อบต.  
5.5 งานตรวจสอบ ติดตามและการประเมินผลการดำเนินงานตามแผนงาน โครงการให้เป็นไปตามนโยบาย วัตถุประสงค์ และเป้าหมายที่กำหนดอย่างมีประสิทธิภาพ ประสิทธิผลและประหยัด  
5.6 งานวิเคราะห์และประเมินความมีประสิทธิภาพ ประหยัด คุ้มค่า ในการใช้ทรัพยากรของส่วนราชการต่างๆ
5.7 งานประเมินการควบคุมภายในหน่วยรับตรวจ  
5.8 งานรายงานผลการตรวจสอบภายใน